La mayoría de las explotaciones son de pequeña extensión, dedicadas a la viña, mientras que las explotaciones que superan las 20 hectáreas son principalmente de regadío. En los últimos años se ha producido un aumento del número de empresarios que ejercen la agricultura como ocupación secundaria.
Del total de la superficie de Villarta de San Juan, se considera suelo rústico aprovechable la práctica totalidad del término.

Los principales cultivos que se desarrollan son: cereales (trigo y cebada), y cultivos de regadío como el melón, alfalfa, maíz, remolacha,